La plupart des sources citent 1348 comme l'année de la fondation de l'université Charles, le 7 avril de cette année le roi Charles Ier de Bohême (plus connu sous le nom de Charles IV du Saint-Empire) publia une bulle d'or garantissant les privilèges de l'université. On peut néanmoins considérer la bulle du pape Clément VI en date du 26 janvier 1347 comme primordiale et celle de l'empereur comme une confirmation de l'exemption de l'autorité séculaire de l'empereur. Il est fort probable que l'anticléricalisme en vogue au xixe siècle soit à l'origine de la préférence pour la date de 1348.Basée sur les modèles des universités de Bologne et de Paris, l'université Charles ouvrit ses portes en 1349.L'archévêque Ernest de Pardubice prit une part importante dans la fondation de l'université en obligeant le clergé à contribuer aux enseignements. Au départ, l'université est divisée en sections bavaroise, tchèque, saxonne et polonaise aussi appelées nations.En 1407, l'université condamna l'enseignement des théories de John Wyclif mais sa doctrine grandit en popularité. Jan Hus, doyen et recteur de l'université, avait traduit le Trialogus de Wyclif en tchèque. Les autres nations décidèrent de se ranger auprès du pape Grégoire XII mais Hus sut utiliser l'opposition du roi Venceslas à Grégoire XII et obtint, en 1409, que la nation tchèque eut trois voix lors des votes décisifs sur l'administration de l'université, les autres nations n'en bénéficiant que d'une voix chacune. Ceci provoqua le départ des professeurs allemands vers l'université de Leipzig en mai 1409.L'université perd alors la majorité de ses étudiants et de sa faculté et décline pour devenir un établissement au rayonnement tout au plus national. Pendant quelques décades, aucun titre n'est distribué. Il faut attendre l'empereur Sigismond puis surtout Rodolphe II qui fait de Prague sa capitale, pour voir l'université renaitre de ses cendres. Dans le cadre des efforts liés à la Contre-Réforme, Ferdinand Ier demande aux Jésuites de venir à Prague où ils ouvrent une académie, le Clementinum. Après une expulsion temporaire (1618 - 1620), ils reviennent et un décret impérial leur confie, en 1622, l'intégralité du système éducatif en Bohême, Moravie et Silésie. Les quatre derniers professeurs quittent le Carolinum et les neuf collèges restants vont alors aux Jésuites en même temps que le droit de remettre les diplômes et d'appointer des professeurs séculiers. Les étudiants doivent alors, pour recevoir leur diplôme, jurer de défendre l'Immaculée conception. Les réformes administratives et universitaires autrichiennes des années 1752 et 1754 finissent d'abolir les derniers privilèges garantis par la Bulle d'or fondatrice de l'université Charles. Ce n'est qu'à partir des premières années du xixe siècle que les protestants, suivis rapidement des juifs, peuvent être diplômés.Un professorat tchèque est progressivement mis en place et en 1863, sur les 187 cours donnés, 22 le sont en tchèque ; le reste l'étant en allemand. En 1882, suivant la pression de la bourgeoisie tchèque montante et du renforcement du sentiment national, l'université (alors appelée Carolo-Ferdinandea) est divisée en deux entités, l'une tchèque, l'autre allemande, totalement indépendantes l'une de l'autre. En 1909, le nombre des étudiants de la Karlo-Ferdinandova univerzita atteint 4 300 alors que ceux de la Karl-Ferdinand Universität est de 1 800. Les deux institutions continuent de travailler en parallèle jusque 1939. La partie tchèque de l'université (en même temps que d'autres institutions de l'enseignement supérieur tchèque) est fermée le 17 novembre 1939 à la suite de manifestations estudiantines ; certains étudiants, des professeurs sont envoyés en camp de concentration, les leaders estudiantins exécutés. La partie allemande est promue université du Reich. Elle sera liquidée en 1945 à la suite des décrets Beneš qui expulsent les Allemands du territoire de la Tchécoslovaquie.Façade de l’aulaL'après-guerre n'est guère plus propice au développement de l'université Charles. Dès 1948 et la prise de pouvoir par les communistes, l'université passe sous le contrôle idéologique du parti et des purges dans le professorat sanctionnent toute déviance, elles se répètent avec régularité, en particulier lors de la période de « Normalisation » qui suit le Printemps de Prague. En janvier 1990, à la suite de la Révolution de velours qui débuta par une révolte estudiantine, la direction de l'université est refondue et réunit des personnalités académiques indépendantes et non compromises sous l'ancien régime communiste. Les sciences sociales, jusqu'alors sous l'emprise de l'idéologie communiste, sont regroupées au sein d'une faculté (FSV) nouvellement créée.À l'heure actuelle (2004-2006), l'université Charles compte près de 42 000 étudiants (dont 6 000 doctorants), soit un cinquième des étudiants de la République tchèque. 

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